Kuna tomatipruuni rugoosivilja viirus nakatab tomati- ja paprikataimi kogu maailmas, tegelevad seemneettevõtted resistentse tomati aretamisega.
Rikkalikud geneetilised ja genoomsed ressursid olid tomatikasvatajatele kättesaadavad juba enne tomati genoomse järjestuse projektide algust. Suured tomati iduplasmi kollektsioonid on juba ammu loodud mitmes kohas. Üle maailma on geenipankades konserveeritud rohkem kui 75,000 XNUMX tomatit. Üks suurimaid on USDA genebank New Yorgis Genfis.
Tomati genoomi järjestamine algatati 2005. aastal rahvusvahelise jõupingutusena 14 riigi vahel ja viidi lõpule 2012. aastal. Neid jõupingutusi on oluliselt kiirendatud tehisintellekti, masinõppe ja täiustatud algoritmide abil, et analüüsida suuri koguseid geneetilisi ja fenotüüpseid andmeid.
Tomatipanoom
Boyce Thompsoni instituudi teadlased lõid 2020. aastal metsiktomatite jaoks kvaliteetsema etalongenoomi, et saada terviklikum ja kasulikum tomatipanoom. Nad avastasid genoomi sektsioonid, mis on puuviljamaitse, suuruse ja valmimise, stressitaluvuse ja haiguskindluse aluseks. Osaliselt tänu tipptasemel sekveneerimistehnoloogiatele, mis suudavad lugeda väga pikki DNA tükke, on võrdlusgenoom terviklikum ja täpsem kui olemasolev andmebaas.
Vanemad sekveneerimistehnoloogiad, mis loevad lühemaid DNA tükke, tuvastavad mutatsioonid ühe aluse tasandil. Kuid nad ei ole head strukturaalsete variantide leidmisel, nagu suurte DNA-tükkide sisestamised, kustutamised, inversioonid või dubleerimised.
Aastal 2019 ehitas rahvusvaheline teadlaste rühm tomati pangenoomi, kasutades 725 fülogeneetiliselt ja geograafiliselt esindusliku sordi genoomijärjestusi. See andmebaas sisaldab 4,873 geeni, mida ei leitud algsest võrdlusgenoomist. Olemasolevad / puuduvad variatsioonianalüüsid näitasid olulist geenikaotust ning intensiivset negatiivset geenide ja promootorite valikut tomati kodustamise ja paranemise ajal.
Lugege täielikku artiklit aadressil www.seedworld.com.
